Prisionero de las tropas republicanas, pero más que nada de sus propios errores, Maximiliano apáticamente esperaba lo que le deparaba el futuro, al haber sido apresado sin mediar mayor resistencia, acompañado por los generales Miramón y Mejía. El emperador se encontraba sumamente debilitado en su salud por la tifoidea y la disentería que le provocaba diarreas continuas que lo deshidrataban letalmente.

(Última fotografía conocida del Emperador Maximiliano)

Juárez apegado a la Ley con severidad espartana, ordenó que el prisionero y sus cómplices sean tratados con toda la severidad que exigía la norma del 25 de Enero de 1862. El Consejo de Guerra se reunió en el Teatro de Querétaro para juzgar al cautivo. A diferencia de lo que se pretendió argumentar en forma posterior, los prisioneros tuvieron oportunidad de defenderse, sin embargo Maximiliano optó por no asistir, comprensible decisión al saber que ya se encontraba sentenciado, evitando la humillación de aparecer rodeado por un ambiente hostil. 

(ARRIBA: Miguel Miramón y Tomás Mejia)

Maximiliano y sus dos fieles generales, fueron condenados a muerte, sólo podían recibir el indulto del Presidente. Es en este momento, que una turbamulta de solicitudes de las más inverosímiles y cándidas, llegaron a los oídos y manos del distinguido zapoteca, Víctor Hugo y Garibaldi pedían por la vida del Emperador, solicitando la gracia de perdonarle la vida como muestra de la bondad de los vencedores que darían una lección de humanidad a los derrotados. Los embajadores de las potencias europeas no cesaban de asegurar y perjurar que jamás expedición alguna hollaría nuevamente tierra mexicana. La negativa tajante fue la respuesta de Juárez. Quizás el momento más bizarro de este drama, fue el ruego desconsolado de la Princesa de Salm Salm quien de rodillas imploró por la vida del Emperador, Juárez ciertamente se conmovió pero fue Lerdo de Tejada, quien hizo que el Presidente superara el momento al decirle “Ahora o nunca Señor”, haciendo que el Benemérito de las Américas, exprese frases que quedarán en la Historia: “Me causa verdadero dolor, señora, verla así de rodillas, más aunque todos los reyes y todas las reinas estuvieran en vuestro lugar, no podría perdonarle la vida. NO SOY YO QUIEN SE LA QUITA; ES EL PUEBLO Y LA LEY QUIENES PIDEN SU MUERTE”.

(Peloton de Fusilamiento que ejecutaria a los condenados - 1867)

Juárez demostró implacabilidad sin misericordia, ordenó la salida inmediata de cualquier enviado o embajador de Querétaro, asimismo denegó más audiencias. El destino del archiduque estaba sellado. Ni siquiera un bien planeado intento de evasión fue aceptado por Maximiliano, quien veía a la muerte como una liberación y quizás tenía razón: si lograba hipotéticamente vivir, sólo se encontraría con todas las puertas cerradas, con la vergüenza y la humillación, con la locura de Carlota. Si, la muerte era un verdadero alivio para el desdichado hombre que soñó con ser monarca.
En el convento que le servía de prisión, esperó en la madrugada 19 de Junio de 1867, su encuentro con la muerte. Cabe mencionar que soportó esos momentos con dignidad y hombría , no así sus dos compañeros de tribulación , por quienes solicitó hasta el final misericordia puesto que habrían sufrido los dolores y las amarguras de la agonía. 
En el cerro de las Campanas, al amanecer, los condenados fueron conducidos al lugar de la ejecución, Maximiliano regaló monedas a soldados del pelotón, solicitándoles encarecidamente buena puntería y que por clemencia no destrozasen su rostro, para poder entregarlo reconocible a su madre. Finalizado este pedido exclamó: “Que mi sangre sea la última vertida, consagre la perseverancia de la causa que acaba de triunfar en reconciliar y fundar la paz y la independencia de este infortunado país. Que Viva la Independencia!! Que Viva México! A las siete en punto se dio la orden de fuego. El destino había sido fatídico para el Emperador y sus lugartenientes. 

(Cadáver de Tomás Mejia)

Sin embargo, el drama aún no concluía, quedaba el asunto del cuerpo del Emperador, se procedió al embalsamamiento, para lo que se requería retirar los órganos internos del difunto, mientras el médico encargado de esta horrenda tarea sumergía sus manos en el vientre exánime, muchas mujeres de la sociedad de Querétaro, se aproximaban para dejar pañuelos blancos para que estos fuesen remojados en la sangre de Maximiliano, para conservarlos como reliquia. El cuerpo ultrajado por las intervenciones, los traslados y las caídas fue enviado a Austria, donde ahora descansa en la Cripta de los Capuchinos en Viena. 

(Dos fotografías del cadáver embalsamado de Maximiliano)

Paradojas del destino y sus consecuencias posteriores, este sería uno de los argumentos utilizados por el Emperador Austriaco Francisco José para no aliarse con Napoleón III durante la Guerra Franco Prusiana, puesto que como el mismo dijo. “Este Bonaparte tiene la sangre de mi hermano Maximiliano en sus manos”. Y no sólo eso, Napoleón III sería el siguiente Emperador en ser tomado prisionero y perder su trono, sólo faltaban tres años para que tuviese igual suerte, era simple cuestión de tiempo.

(Cofre de plomo que contiene el cadaver del Emperador Maximiliano en la Cripta de los Capuchinos en Viena.)