Eduardo Villegas asumió por segunda vez la conducción técnica del club Oriente Petrolero, así como lo hizo en la gestión 2014-2015 oportunidad en la que llevó al primer plantel a ocupar el segundo lugar del torneo apertura y que a cinco días de comenzar un nuevo campeonato terminó renunciando por un entredicho con los capitanes del equipo, que en ese entonces eran Ronald Raldes y Gualberto Mojica.